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夏晓勤

性  别:
出生日期: 1970.07.20
职  称: 研究员
工作单位: 中国科学院水生生物研究所(联合培养基地)
行政职务: 副主任 
联系电话: 13397186070 
电子信箱: xqxia@ihb.ac.cn 
学术任职: 湖北省生物信息学会副理事长 
荣誉称号: 无 


个人简介

夏晓勤,中国科学院水生生物研究所研究员,湖北省生物信息学会发起人、副理事长。历年来研究涉及生物信息学、基因组学和遗传学等多个领域。完成了草鱼全基因组的组装与功能注释,解析了草鱼生长性状相关的基因和分子模块并完成了耦合分析等方面的工作;建立了草鱼基因组数据库和鱼类病毒数据库,绘制了高密度的草鱼与黄鳝的遗传连锁图谱。作为主要作者开发了20余款生物信息学软件、数据库与分析平台,在SCI源学术刊物上发表论文40余篇,并担任Scientific Reports等国际刊物编委或审稿人。

目前主要以草鱼和泥鳅等经济鱼类为研究对象,以斑马鱼和细胞培养为模型,利用生物信息学分析手段和分子与细胞生物学实验技术,通过基因组学等组学研究路线来开展鱼类遗传育种以及相关的生物信息学研究。主要研究方向如下:

1. 鱼类重要经济性状分子基础的解析及育种研究

  • 解析鱼类经济性状的相关分子网络与遗传机制
  • 研发鱼类分子辅助育种与基因组选择育种等育种相关技术与流程
  • 通过基因编辑、雌核发育与分子选育等技术培育鱼类新品种或新品系

2. 重要经济鱼类的基因组育种信息平台及生物信息学分析技术研发

  • 开发基因组与转录组的测序、组装与注释流程及多组学数据分析技术
  • 利用机器学习、人工智能等技术探索新型数据的分析,开发相关软件工具
  • 建立重要经济鱼类的基因组数据库系统及多组学育种信息平台

(注:本实验室研究方向处于领域前沿,涉及多方面的知识与技术,需要不同方向的人才加盟,欢迎有生物学、水产学、统计学或计算机科学背景的考生报考)



学习经历

起止年月

学校

所学专业

学历

学位

1992.91997.8

中国科学院水生生物研究所

水生生物学

研究生

理学博士

1988.91992.7

武汉大学

微生物学

本科

理学学士

工作经历

起止年月

工作单位

任职

2011.5-目前

中国科学院水生生物研究所

研究员、PI、研究中心副主任

2010.122011.5

加州大学(尔湾分校)

二组助理项目科学家(兼)

2009.62011.5

圣迭戈疫苗研究所

基因组学和生物信息学部门主任

2004.32009.6

Sidney Kimmel癌症中心

基因组学部门主任

2001.82004.1

剑桥大学遗传学系

生物信息学研究助理

2000.122001.8

剑桥大学通信系统研究中心

生物信息学研究助理

1997.82000.7

南京农业大学动物医学院

博士后、副教授

承担科研课题情况

序号

项目名称

项目来源

起止年月

经费
(
万元)

主持/参加

完成情况

1 鲤鲫、草鱼优异种质资源鉴定
科技部
2021.122026.11 1260 主持 在研

2

大鳞副泥鳅的基因组育种技术平台开发与优良种质创制

水生生物研究所

2020.112025.11

60

参加

在研

3

鲤饲料高效转化的分子机制的生物信息学分析

中国科学院

2019.122024.10

200

主持

在研

4

用两种鲤科鱼类模型解析遗传性脊柱侧凸的致病基因

国家基金委

2019.12021.12

30

参加

在研

5

重要养殖鱼类基因组选育技术平台构建

科疾�

2018.122022.12

105

主持

在研

6

草鱼与斑马鱼低温适应的多组织共表达网络比较分析

国家重点实验室

2019.12019.12

8

参加

结题

7

湖泊藻类氮利用策略转换机理及其与优势种演替的关系

国家重点实验室

2018.12018.12

8

主持

结题

8

草鱼生长速度差异的分子遗传机制研究

国家基金委

2016.12019.12

75

主持

结题

9

基因组组装算法及平台开发

武汉市

2016.12019.12

30

主持

结题

10

鲤高产多模块耦合

中国科学院

2013.82019.12

900

主持

结题

11

水体生物基因组信息分析

中国科学院

2012.32017.12

260

主持

结题

12

草鱼重要经济性状相关基因的克隆及功能验证

国家863

2011.12016.12

1270

参加

结题

13

WebOmics 组学数据库与分析平台构建

水生生物研究所

2011.82017.7

200

主持

结题

科研获奖情况

序号

获奖项目名称

奖励类别(等级)

授予单位

获奖时间

本人排名

授权专利情况

序号

专利名称

授权专利号

年份

专利类别
(发明/实用新型)

本人排名

1

一种直接从全基因组重测序数据中得到微单体型及其分型的方法

201811248346.8

2021

发明

1

论文与专著情况

序号

论文、专著名称

学术期刊或
出版社名称

发表(出版)年份

论文
检索情况

(著)者名次

1

Integrative transcriptomic analysis reveals the immune mechanism for a CyHV-3-resistant common carp strain

Frontiers in Immunology

2021

SCI

通信

2

A genome-wide linkage map and QTL mapping for growth traits of Asian rice-field eel (Monopterus albus)

Aquaculture

2021

SCI

通信

3

A systematic evaluation of bioinformatics tools for identification of long noncoding RNAs

RNA

2021

SCI

通信

4

Global gene expression profile under low-temperature conditions in the brain of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus)

PLoS One

2020

SCI

通信

5

基于微单体型分子标记的草鱼亲子鉴定方法

水生生物学报

2020

核心

通信

6

Transcriptomic and physiological responses to oxidative stress in a Chlamydomonas reinhardtii glutathione peroxidase mutant

Genes

2020

SCI

通信

7

Construction of a high-density genetic map and mapping of growth related QTLs in the grass carp (Ctenopharyngodon idellus)

BMC Genomics

2020

SCI

通信

8

FVD: The fish-associated virus database

Infection, Genetics and Evolution

2018

SCI

通信

9

寄生于鲫的锚首虫一新种

水生生物学报

2018

核心

通信

10

The Grass Carp Genome Database (GCGD): an online platform for genome features and annotations

Database

2017

SCI

通信

11

浅析基因组大小的进化机制

科学通报

2016

核心

通信

12

Inferring the hosts of coronavirus using dual statistical models based on nucleotide composition

Scientific Reports

2015

SCI

通信

13

The draft genome of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus) provides insights into its evolution and vegetarian adaptation

Nature Genetics

2015

SCI

9

14

Advances in statistical medicine

Computational and Mathematical Methods in Medicine

2014

SCI

2

15

Functional Divergence of the miRNA Transcriptome at the Onset of Drosophila Metamorphosis

Molecular Biology and Evolution

2014

SCI

5

16

High-throughput comparison of gene fitness among related bacteria

BMC Genomics

2012

SCI

2

17

Evaluation of the Role of Functional Constraints on the Integrity of an Ultra-conserved Region in the Genus Drosophila

PLoS Genetics

2012

SCI

2

18

The Accuracy of Survival Time Prediction for Patients with Glioma Is Improved by Measuring Mitotic Spindle Checkpoint Gene Expression

PLoS One

2011

SCI

通信

19

TabSQL - a MySQL tools to facilitate data queries with public databases

BMC Bioinformatics

2010

SCI

1

20

In silico estimates of tissue components in surgical samples based on expression profiling data

Cancer Research

2010

SCI

共一

21

PypeR, a Python package for using R in Python

Journal of Statistical Software

2010

SCI

1

22

Evaluating Oligonucleotide Probe Properties for DNA Microarray Probe Design

Nucleic Acid Research

2010

SCI

共一、通信

23

WebArrayDB: cross-platform microarray data analysis and public data repository

Bioinformatics

2009

SCI

1

指导研究生情况

在读人数

8

已毕业人数

9

毕业研究生:

1. 段攸(2021年博士毕业,在成都华西医院任职)

2. 黄磊(2021年硕士毕业,在盐城市生物工程职业技术学校任职)

3. 夏雷(2019年硕士毕业,在本实验室读博)

4. 陈亚鑫(2018年博士毕业,在成都华西医院任职)

5. 马晓翠(2018年博士毕业,在郑州市儿童医院任职)

6. 蒋艳鑫(2018年博士毕业,在合肥谱佳医学检验实验室有限公司任职)

7. 黄晓丽(2017年硕士毕业,在武汉大学任职)

8. 宋玉龙(2015年博士毕业,在中山大学任职)

9. 唐琴(2015年博士毕业,在美国Albert Einstein College of Medicine任职)

研究生获奖:

1.    2021年叶伟东获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号

2.    2021年赵旭阳获2021中国肠道大会“优秀投稿(壁板)”奖

3.    2021年郭成获武汉家普特羽毛球俱乐部2021迎春赛暨新春年会比赛团体冠军

4.    2020-2021学年段攸获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

5.    2020年叶伟东、郭成在中国科学院武汉教育基地2020“小洪山杯”羽毛球比赛冠军

6.    2020年张强翔获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号

7.    2020-2021学年郭成 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

8.    2019年黄磊被评为武昌区中华路街“最美追梦人”

9.    2019年黄磊被评为中科院武汉分院“优秀志愿者”

10.  2019年郭成获中科院大学研究生新生羽毛球比赛“男子单打第三名”

11.   2018年马晓翠获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号

12.  2018年陈亚鑫获中科院研究生奖学金一等奖

13.  2017-2018学年陈亚鑫获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

14.  2016 - 2017学年黄晓丽获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

15.  2016年马晓翠 在国际藻类论坛中,获“优秀海报”奖

16.  2015-2016年度蒋艳鑫获“中国科学院水生生物研究所优秀共产党员”荣誉称号

17.  2015年马晓翠 在水生所党委组织的“社会主义核心价值观”演讲比赛中获优秀奖

18.  2014 - 2015学年马晓翠 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

19.  2013-2014学年陈亚鑫 获“中国科学院大学 三好学生”荣誉称号

20.  2013-2014学年宋玉龙获“中国科学院水生生物研究所三好学生”荣誉称号

21.  2011-2012学年蒋艳鑫获“中国科学院水生生物研究所三好学生”荣誉称号

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