水域生态学课程的主要内容包括绪论、个体生态学、种群生态学、群落生态学、生态系统生态学、水体初级生产力、次级生产力和水体渔业生产力、水域富营养化与赤潮、水污染生态学、全球变化、受损水域生态系统的恢复、水生生物多样性及其保护等。养殖水域生态学是水产养殖学专业学生必修的一门重要学科基础课，是在原先的淡水生态学和海洋生态学基础上合并并加强针对性而设立的一门水生生物学系列课程。该课总48学时。通过理论教学、实验与自学使学生充分理解和掌握水生生物与环境相互作用、相互制约的基本原理和概念，了解养殖水域的各种生物学过程及其变化规律，能够运用生态学原理来分析养殖生产中发生的技术和理论问题。